CircosHeatmap-aardio

一个基于 R 语言的环形热图绘制工具

📃 项目简介

CircosHeatmap-aardio 是一个基于 R 语言的环形热图（Circos Heatmap）绘制工具，支持矩阵数据的聚类与可视化。通过 Aardio 实现图形界面，使得用户无需编写代码即可轻松使用该工具。项目旨在为科研人员、数据分析师等提供一种直观、便捷的数据可视化方式。

✨ 核心功能

• 环形热图绘制：基于 R 的 circlize 和 ComplexHeatmap 包，支持矩阵数据的聚类与可视化。
• 图形界面：使用 Aardio 实现图形界面，用户可以通过界面选择输入文件、设置参数并运行脚本。
• TODO: 自动文件格式转换：支持自动识别 xls、xlsx、csv 文件格式，并在需要时转换为符合 R 脚本要求的临时 csv 文件。

📝 TODO

• 优化 UI：进一步提升用户交互体验，增加更多可视化选项。
• 支持更多文件格式：扩展支持更多数据文件格式。
• 增加高级功能：如自定义颜色梯度、调整聚类参数等。
• 待补充。

🛠️ 开发

1. 将 Windows 当前用户下 appData 目录中的 aardio/std/r/site-library 内容拷贝到项目中 —— 当前仓库已包含，可不用关注。
2. 将 aardio\lib\process\r\_.aardio 文件中：

   setLibPaths({..io.appData("aardio/std/r/site-library")});
   

   修改为：

   if (_STUDIO_INVOKED) {
       // 开发环境
       setLibPaths({..io.appData("aardio/std/r/site-library")});
   } else {
       // 打包后环境
       setLibPaths({"lib\r-library"});
   }
   

修改目的：初次接触 aardio + R 的开发，安装 R 的相关库时遇到无法安装部分 R 库的问题，所以干脆把安装好的 R 相关库放入程序根目录下，便于将程序分发给别人使用。

缺点：R 库体积偏大，100MB+，不过真正需要的人应该不在乎体积吧。

🚀 使用

1. 从 Releases 下载并解压 CircosHeatmap-aardio

2. 运行 CircosHeatmap-aardio.exe，首次运行时会自动安装 R 环境

3. 点击 “数据源” 选择 csv 格式的表格文件，然后点击 “生成pdf” 选择pdf保存的位置

注意：当前仅支持 csv 格式的数据源，可以自行新建一个 csv 文件后，将目标数据拷贝到这个 csv 文件中，然后再使用 CircosHeatmap-aardio.exe 进行生成 pdf。

✨ 贡献

欢迎贡献、建议、错误报告和修复！