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R
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R
### R code from vignette source 'decision-vegan.Rnw'
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### code chunk number 1: decision-vegan.Rnw:21-26
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figset <- function() par(mar=c(4,4,1,1)+.1)
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options(SweaveHooks = list(fig = figset))
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options("prompt" = "> ", "continue" = " ")
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options(width = 55)
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require(vegan)
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### code chunk number 2: decision-vegan.Rnw:84-85 (eval = FALSE)
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## options(mc.cores = 2)
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### code chunk number 3: decision-vegan.Rnw:125-136 (eval = FALSE)
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## ## start up and define meandist()
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## library(vegan)
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## data(sipoo)
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## meandist <-
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## function(x) mean(vegdist(x, "bray"))
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## library(parallel)
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## clus <- makeCluster(4)
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## clusterEvalQ(clus, library(vegan))
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## mbc1 <- oecosimu(dune, meandist, "r2dtable",
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## parallel = clus)
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## stopCluster(clus)
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### code chunk number 4: decision-vegan.Rnw:240-251
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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data(sipoo)
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mod <- nestedtemp(sipoo)
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plot(mod, "i")
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x <- mod$c["Falcsubb"]
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y <- 1 - mod$r["Svartholm"]
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points(x,y, pch=16, cex=1.5)
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abline(x+y, -1, lty=2)
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f <- function(x, p) (1-(1-x)^p)^(1/p)
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cross <- function(x, a, p) f(x,p) - a + x
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r <- uniroot(cross, c(0,1), a = x+y, p = mod$p)$root
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arrows(x,y, r, f(r, mod$p), lwd=4)
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### code chunk number 5: decision-vegan.Rnw:549-553
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library(vegan)
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data(varespec)
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data(varechem)
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orig <- cca(varespec ~ Al + K, varechem)
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### code chunk number 6: a
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plot(orig, dis=c("lc","bp"))
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### code chunk number 7: decision-vegan.Rnw:562-563
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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plot(orig, dis=c("lc","bp"))
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### code chunk number 8: decision-vegan.Rnw:572-574
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i <- sample(nrow(varespec))
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shuff <- cca(varespec[i,] ~ Al + K, varechem)
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### code chunk number 9: decision-vegan.Rnw:577-578
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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plot(shuff, dis=c("lc","bp"))
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### code chunk number 10: a
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plot(procrustes(scores(orig, dis="lc"),
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scores(shuff, dis="lc")))
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### code chunk number 11: decision-vegan.Rnw:591-592
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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plot(procrustes(scores(orig, dis="lc"),
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|
scores(shuff, dis="lc")))
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### code chunk number 12: decision-vegan.Rnw:600-603
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tmp1 <- rda(varespec ~ Al + K, varechem)
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i <- sample(nrow(varespec)) # Different shuffling
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tmp2 <- rda(varespec[i,] ~ Al + K, varechem)
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### code chunk number 13: decision-vegan.Rnw:606-608
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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plot(procrustes(scores(tmp1, dis="lc"),
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|
scores(tmp2, dis="lc")))
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### code chunk number 14: decision-vegan.Rnw:625-627
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orig
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shuff
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### code chunk number 15: decision-vegan.Rnw:632-633
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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|
plot(procrustes(orig, shuff))
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### code chunk number 16: decision-vegan.Rnw:646-651
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tmp1 <- rda(varespec ~ ., varechem)
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tmp2 <- rda(varespec[i,] ~ ., varechem)
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proc <- procrustes(scores(tmp1, dis="lc", choi=1:14),
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scores(tmp2, dis="lc", choi=1:14))
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max(residuals(proc))
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### code chunk number 17: decision-vegan.Rnw:663-666
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data(dune)
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data(dune.env)
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orig <- cca(dune ~ Moisture, dune.env)
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### code chunk number 18: decision-vegan.Rnw:671-672
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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plot(orig, dis="lc")
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### code chunk number 19: a
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plot(orig, display="wa", type="points")
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ordispider(orig, col="red")
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text(orig, dis="cn", col="blue")
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### code chunk number 20: decision-vegan.Rnw:696-697
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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plot(orig, display="wa", type="points")
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ordispider(orig, col="red")
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|
text(orig, dis="cn", col="blue")
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