CircosHeatmap-aardio/README.md

<p align="center">
    <img src="./res/result.png" width="200" />
</p>
<h1 align="center">
    <img src="./res/app.png" width="30" style="vertical-align: middle;" />
    <span style="vertical-align: middle;">CircosHeatmap-aardio</span>
</h1>
<p align="center">
    一个基于 R 语言的环形热图绘制工具
</p>

<div align="center">
    <a href="https://gitea.iioio.com:3000/BiomedEngX/CircosHeatmap-aardio/src/branch/master/README_EN.md">English</a>
</div>

---

## 📃 项目简介

CircosHeatmap-aardio 是一个基于 R 语言的环形热图（Circos Heatmap）绘制工具，支持矩阵数据的聚类与可视化。通过 Aardio 实现图形界面，用户无需编写代码即可轻松使用该工具。

---

## ✨ 核心功能

- **环形热图绘制**：基于 R 的 `circlize` 和 `ComplexHeatmap` 包，支持矩阵数据的聚类与可视化。
- **图形界面**：使用 Aardio 实现图形界面，用户可以通过界面选择输入文件、设置参数并运行脚本。
- **代码可视化与调试**：内置 R 代码编辑框，用户可查看和修改当前执行的 R 脚本，便于自定义调试。
- **日志输出**：提供日志窗口，实时显示脚本执行结果和错误信息。

---

## 🚀 使用教程

### 1. 下载并解压
从 [Releases](https://gitea.iioio.com:3000/BiomedEngX/CircosHeatmap-aardio/releases) 下载并解压 CircosHeatmap-aardio。

### 2. 运行程序
运行 `CircosHeatmap-aardio.exe`，首次运行时会自动安装 R 环境。

![demo](./res/demo.jpg)

### 3. 选择数据源
点击 **“数据源”** 选择 csv 格式的表格文件。

> **注意**：当前仅支持 csv 格式的数据源。如果您的数据是其他格式（如 xls、xlsx），可以将其转换为 csv 格式后再使用。

### 4. 生成 PDF
点击 **“生成 PDF”** 选择 PDF 保存的位置。

---

## 🛠️ 程序功能细节

### 界面布局
- **R 代码编辑框**：显示当前执行的 R 脚本，用户可查看和修改代码。
- **日志窗口**：实时显示脚本执行结果和错误信息。
- **数据源选择**：通过按钮选择输入文件，支持 csv 格式。
- **生成 PDF**：运行 R 脚本并保存生成的环形热图为 PDF 文件。

### 代码逻辑
- **R 脚本加载**：程序启动时自动加载默认的 R 脚本（`heatmap_script.R`）。
- **文件选择**：点击 **“数据源”** 按钮选择输入文件，路径显示在输入框中。
- **脚本执行**：点击 **“生成 PDF”** 按钮后，程序调用 R 脚本并传入输入文件路径和输出 PDF 路径。

---

## 📝 TODO

- **优化 UI**：进一步提升用户交互体验。
- **支持更多文件格式**：扩展支持 xls、xlsx 等格式。
- **增加高级功能**：如自定义颜色梯度、调整聚类参数等。

---

## ✨ 贡献

欢迎贡献、建议、错误报告和修复！如果您有任何想法或问题，请随时提交 [Issue](https://gitea.iioio.com:3000/BiomedEngX/CircosHeatmap-aardio/issues/new) 或 Pull Request。