249 lines
7.4 KiB
R
249 lines
7.4 KiB
R
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### R code from vignette source 'diversity-vegan.Rnw'
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###################################################
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### code chunk number 1: diversity-vegan.Rnw:21-26
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###################################################
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par(mfrow=c(1,1))
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options(width=55)
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figset <- function() par(mar=c(4,4,1,1)+.1)
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options(SweaveHooks = list(fig = figset))
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options("prompt" = "> ", "continue" = " ")
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###################################################
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### code chunk number 2: diversity-vegan.Rnw:58-60
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library(vegan)
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data(BCI)
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### code chunk number 3: diversity-vegan.Rnw:78-79
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H <- diversity(BCI)
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### code chunk number 4: diversity-vegan.Rnw:86-87
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J <- H/log(specnumber(BCI))
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||
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### code chunk number 5: diversity-vegan.Rnw:113-115
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###################################################
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k <- sample(nrow(BCI), 6)
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R <- renyi(BCI[k,])
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|
### code chunk number 6: diversity-vegan.Rnw:122-123
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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print(plot(R))
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### code chunk number 7: diversity-vegan.Rnw:134-135
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alpha <- fisher.alpha(BCI)
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||
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|
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|
### code chunk number 8: diversity-vegan.Rnw:171-172
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|
quantile(rowSums(BCI))
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||
|
|
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|
### code chunk number 9: diversity-vegan.Rnw:175-176
|
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|
Srar <- rarefy(BCI, min(rowSums(BCI)))
|
||
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||
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###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 10: diversity-vegan.Rnw:184-185
|
||
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###################################################
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||
|
|
S2 <- rarefy(BCI, 2)
|
||
|
|
|
||
|
|
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||
|
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###################################################
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||
|
|
### code chunk number 11: diversity-vegan.Rnw:189-190
|
||
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###################################################
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||
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|
all(rank(Srar) == rank(S2))
|
||
|
|
|
||
|
|
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||
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###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 12: diversity-vegan.Rnw:196-197
|
||
|
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###################################################
|
||
|
|
range(diversity(BCI, "simp") - (S2 -1))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 13: diversity-vegan.Rnw:260-264
|
||
|
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###################################################
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||
|
|
data(dune)
|
||
|
|
data(dune.taxon)
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|
taxdis <- taxa2dist(dune.taxon, varstep=TRUE)
|
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|
mod <- taxondive(dune, taxdis)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 14: diversity-vegan.Rnw:267-268
|
||
|
|
###################################################
|
||
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|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
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plot(mod)
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||
|
|
|
||
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|
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||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 15: diversity-vegan.Rnw:294-296
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
tr <- hclust(taxdis, "aver")
|
||
|
|
mod <- treedive(dune, tr)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 16: diversity-vegan.Rnw:318-321
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
k <- sample(nrow(BCI), 1)
|
||
|
|
fish <- fisherfit(BCI[k,])
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||
|
|
fish
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 17: diversity-vegan.Rnw:324-325
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
|
|
plot(fish)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 18: diversity-vegan.Rnw:353-354
|
||
|
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###################################################
|
||
|
|
prestondistr(BCI[k,])
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 19: diversity-vegan.Rnw:385-387
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
rad <- radfit(BCI[k,])
|
||
|
|
rad
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 20: diversity-vegan.Rnw:390-391
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
|
|
print(radlattice(rad))
|
||
|
|
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||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 21: a
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
sac <- specaccum(BCI)
|
||
|
|
plot(sac, ci.type="polygon", ci.col="yellow")
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 22: diversity-vegan.Rnw:461-462
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
|
|
sac <- specaccum(BCI)
|
||
|
|
plot(sac, ci.type="polygon", ci.col="yellow")
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 23: diversity-vegan.Rnw:490-491
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
ncol(BCI)/mean(specnumber(BCI)) - 1
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 24: diversity-vegan.Rnw:508-510
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
beta <- vegdist(BCI, binary=TRUE)
|
||
|
|
mean(beta)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 25: diversity-vegan.Rnw:517-518
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
betadiver(help=TRUE)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 26: diversity-vegan.Rnw:536-538
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
z <- betadiver(BCI, "z")
|
||
|
|
quantile(z)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 27: diversity-vegan.Rnw:548-553
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
data(dune)
|
||
|
|
data(dune.env)
|
||
|
|
z <- betadiver(dune, "z")
|
||
|
|
mod <- with(dune.env, betadisper(z, Management))
|
||
|
|
mod
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 28: diversity-vegan.Rnw:556-557
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
|
|
boxplot(mod)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 29: diversity-vegan.Rnw:668-669
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
specpool(BCI)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 30: diversity-vegan.Rnw:674-676
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
s <- sample(nrow(BCI), 25)
|
||
|
|
specpool(BCI[s,])
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 31: diversity-vegan.Rnw:687-688
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
estimateR(BCI[k,])
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 32: diversity-vegan.Rnw:757-759
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
veiledspec(prestondistr(BCI[k,]))
|
||
|
|
veiledspec(BCI[k,])
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 33: diversity-vegan.Rnw:773-774
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
smo <- beals(BCI)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 34: a
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
j <- which(colnames(BCI) == "Ceiba.pentandra")
|
||
|
|
plot(beals(BCI, species=j, include=FALSE), BCI[,j],
|
||
|
|
ylab="Occurrence", main="Ceiba pentandra",
|
||
|
|
xlab="Probability of occurrence")
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 35: diversity-vegan.Rnw:787-788
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
|
|
j <- which(colnames(BCI) == "Ceiba.pentandra")
|
||
|
|
plot(beals(BCI, species=j, include=FALSE), BCI[,j],
|
||
|
|
ylab="Occurrence", main="Ceiba pentandra",
|
||
|
|
xlab="Probability of occurrence")
|
||
|
|
|
||
|
|
|