207 lines
6.3 KiB
R
207 lines
6.3 KiB
R
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### R code from vignette source 'intro-vegan.Rnw'
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### code chunk number 1: intro-vegan.Rnw:18-23
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par(mfrow=c(1,1))
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options(width=72)
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figset <- function() par(mar=c(4,4,1,1)+.1)
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options(SweaveHooks = list(fig = figset))
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options("prompt" = "> ", "continue" = " ")
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### code chunk number 2: intro-vegan.Rnw:73-76
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library(vegan)
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data(dune)
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ord <- decorana(dune)
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### code chunk number 3: intro-vegan.Rnw:79-80
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ord
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### code chunk number 4: intro-vegan.Rnw:103-105
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ord <- metaMDS(dune, trace = FALSE)
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ord
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### code chunk number 5: a
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plot(ord)
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|
### code chunk number 6: intro-vegan.Rnw:120-121
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getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
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plot(ord)
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### code chunk number 7: a
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||
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plot(ord, type = "n")
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||
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|
points(ord, display = "sites", cex = 0.8, pch=21, col="red", bg="yellow")
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||
|
|
text(ord, display = "species", cex=0.7, col="blue")
|
||
|
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||
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|
### code chunk number 8: intro-vegan.Rnw:142-143
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||
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|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
|
|
plot(ord, type = "n")
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||
|
|
points(ord, display = "sites", cex = 0.8, pch=21, col="red", bg="yellow")
|
||
|
|
text(ord, display = "species", cex=0.7, col="blue")
|
||
|
|
|
||
|
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||
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###################################################
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||
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|
### code chunk number 9: intro-vegan.Rnw:151-154
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||
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###################################################
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||
|
|
plot(ord, type = "n") |>
|
||
|
|
points("sites", cex = 0.8, pch=21, col="red", bg="yellow") |>
|
||
|
|
text("species", cex=0.7, col="blue")
|
||
|
|
|
||
|
|
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||
|
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||
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|
### code chunk number 10: intro-vegan.Rnw:226-228
|
||
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data(dune.env)
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|
attach(dune.env)
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||
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||
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||
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|
### code chunk number 11: a
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###################################################
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||
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|
plot(ord, disp="sites", type="n")
|
||
|
|
ordihull(ord, Management, col=1:4, lwd=3)
|
||
|
|
ordiellipse(ord, Management, col=1:4, kind = "ehull", lwd=3)
|
||
|
|
ordiellipse(ord, Management, col=1:4, draw="polygon")
|
||
|
|
ordispider(ord, Management, col=1:4, label = TRUE)
|
||
|
|
points(ord, disp="sites", pch=21, col="red", bg="yellow", cex=1.3)
|
||
|
|
|
||
|
|
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||
|
|
###################################################
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||
|
|
### code chunk number 12: intro-vegan.Rnw:239-240
|
||
|
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||
|
|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
|
|
plot(ord, disp="sites", type="n")
|
||
|
|
ordihull(ord, Management, col=1:4, lwd=3)
|
||
|
|
ordiellipse(ord, Management, col=1:4, kind = "ehull", lwd=3)
|
||
|
|
ordiellipse(ord, Management, col=1:4, draw="polygon")
|
||
|
|
ordispider(ord, Management, col=1:4, label = TRUE)
|
||
|
|
points(ord, disp="sites", pch=21, col="red", bg="yellow", cex=1.3)
|
||
|
|
|
||
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||
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###################################################
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||
|
|
### code chunk number 13: intro-vegan.Rnw:270-272
|
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||
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|
ord.fit <- envfit(ord ~ A1 + Management, data=dune.env, perm=999)
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ord.fit
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|
### code chunk number 14: a
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plot(ord, dis="site")
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|
plot(ord.fit)
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||
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### code chunk number 15: b
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|
ordisurf(ord, A1, add=TRUE)
|
||
|
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||
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||
|
|
### code chunk number 16: intro-vegan.Rnw:288-290
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||
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||
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|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
|
|
plot(ord, dis="site")
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||
|
|
plot(ord.fit)
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||
|
|
ordisurf(ord, A1, add=TRUE)
|
||
|
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||
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||
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###################################################
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||
|
|
### code chunk number 17: intro-vegan.Rnw:310-312
|
||
|
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###################################################
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||
|
|
ord <- cca(dune ~ A1 + Management, data=dune.env)
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|
ord
|
||
|
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||
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|
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||
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###################################################
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||
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|
### code chunk number 18: a
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||
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###################################################
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||
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|
plot(ord)
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||
|
|
|
||
|
|
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||
|
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###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 19: intro-vegan.Rnw:319-320
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
|
||
|
|
plot(ord)
|
||
|
|
|
||
|
|
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||
|
|
###################################################
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||
|
|
### code chunk number 20: intro-vegan.Rnw:337-338
|
||
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||
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|
cca(dune ~ ., data=dune.env)
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||
|
|
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||
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|
||
|
|
### code chunk number 21: intro-vegan.Rnw:347-348
|
||
|
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|
||
|
|
anova(ord)
|
||
|
|
|
||
|
|
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||
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|
||
|
|
### code chunk number 22: intro-vegan.Rnw:356-357
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
anova(ord, by="term", permutations=199)
|
||
|
|
|
||
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||
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###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 23: intro-vegan.Rnw:362-363
|
||
|
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###################################################
|
||
|
|
anova(ord, by="mar", permutations=199)
|
||
|
|
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||
|
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||
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###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 24: a
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|
anova(ord, by="axis", permutations=499)
|
||
|
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||
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||
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|
||
|
|
### code chunk number 25: intro-vegan.Rnw:375-377
|
||
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###################################################
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||
|
|
ord <- cca(dune ~ A1 + Management + Condition(Moisture), data=dune.env)
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|
ord
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||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 26: intro-vegan.Rnw:382-383
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
anova(ord, by="term", permutations=499)
|
||
|
|
|
||
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||
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###################################################
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||
|
|
### code chunk number 27: intro-vegan.Rnw:391-393
|
||
|
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||
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|
how <- how(nperm=499, plots = Plots(strata=dune.env$Moisture))
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anova(ord, by="term", permutations = how)
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||
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||
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||
|
|
### code chunk number 28: intro-vegan.Rnw:397-398
|
||
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detach(dune.env)
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