342 lines
9.6 KiB
R
342 lines
9.6 KiB
R
|
### R code from vignette source 'IRangesOverview.Rnw'
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 1: style
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 2: options
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
options(width=72)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 3: install (eval = FALSE)
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
## if (!require("BiocManager"))
|
||
|
|
## install.packages("BiocManager")
|
||
|
|
## BiocManager::install("IRanges")
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 4: initialize
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
library(IRanges)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 5: iranges-constructor
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
ir1 <- IRanges(start=1:10, width=10:1)
|
||
|
|
ir1
|
||
|
|
ir2 <- IRanges(start=1:10, end=11)
|
||
|
|
ir3 <- IRanges(end=11, width=10:1)
|
||
|
|
identical(ir1, ir2) && identical(ir1, ir3)
|
||
|
|
ir <- IRanges(c(1, 8, 14, 15, 19, 34, 40),
|
||
|
|
width=c(12, 6, 6, 15, 6, 2, 7))
|
||
|
|
ir
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 6: iranges-start
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
start(ir)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 7: iranges-end
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
end(ir)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 8: iranges-width
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
width(ir)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 9: iranges-subset-numeric
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
ir[1:4]
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 10: iranges-subset-logical
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
ir[start(ir) <= 15]
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 11: plotRanges
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
plotRanges <- function(x, xlim=x, main=deparse(substitute(x)),
|
||
|
|
col="black", sep=0.5, ...)
|
||
|
|
{
|
||
|
|
height <- 1
|
||
|
|
if (is(xlim, "IntegerRanges"))
|
||
|
|
xlim <- c(min(start(xlim)), max(end(xlim)))
|
||
|
|
bins <- disjointBins(IRanges(start(x), end(x) + 1))
|
||
|
|
plot.new()
|
||
|
|
plot.window(xlim, c(0, max(bins)*(height + sep)))
|
||
|
|
ybottom <- bins * (sep + height) - height
|
||
|
|
rect(start(x)-0.5, ybottom, end(x)+0.5, ybottom + height, col=col, ...)
|
||
|
|
title(main)
|
||
|
|
axis(1)
|
||
|
|
}
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 12: ir-plotRanges
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
plotRanges(ir)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 13: ranges-reduce
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
reduce(ir)
|
||
|
|
plotRanges(reduce(ir))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 14: rangeslist-contructor
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
rl <- IRangesList(ir, rev(ir))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 15: rangeslist-start
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
start(rl)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 16: bracket-ranges
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
set.seed(0)
|
||
|
|
lambda <- c(rep(0.001, 4500), seq(0.001, 10, length=500),
|
||
|
|
seq(10, 0.001, length=500))
|
||
|
|
xVector <- rpois(1e7, lambda)
|
||
|
|
yVector <- rpois(1e7, lambda[c(251:length(lambda), 1:250)])
|
||
|
|
xRle <- Rle(xVector)
|
||
|
|
yRle <- Rle(yVector)
|
||
|
|
irextract <- IRanges(start=c(4501, 4901) , width=100)
|
||
|
|
xRle[irextract]
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 17: overlap-ranges
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
ol <- findOverlaps(ir, reduce(ir))
|
||
|
|
as.matrix(ol)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 18: ranges-coverage
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
cov <- coverage(ir)
|
||
|
|
plotRanges(ir)
|
||
|
|
cov <- as.vector(cov)
|
||
|
|
mat <- cbind(seq_along(cov)-0.5, cov)
|
||
|
|
d <- diff(cov) != 0
|
||
|
|
mat <- rbind(cbind(mat[d,1]+1, mat[d,2]), mat)
|
||
|
|
mat <- mat[order(mat[,1]),]
|
||
|
|
lines(mat, col="red", lwd=4)
|
||
|
|
axis(2)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 19: ranges-shift
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
shift(ir, 10)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 20: ranges-narrow
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
narrow(ir, start=1:5, width=2)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 21: ranges-restrict
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
restrict(ir, start=2, end=3)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 22: ranges-threebands
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
threebands(ir, start=1:5, width=2)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 23: ranges-plus
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
ir + seq_len(length(ir))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 24: ranges-asterisk
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
ir * -2 # double the width
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 25: ranges-disjoin
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
disjoin(ir)
|
||
|
|
plotRanges(disjoin(ir))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 26: ranges-disjointBins
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
disjointBins(ir)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 27: ranges-reflect
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
reflect(ir, IRanges(start(ir), width=width(ir)*2))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 28: ranges-flank
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
flank(ir, width=seq_len(length(ir)))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 29: ranges-gaps
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
gaps(ir, start=1, end=50)
|
||
|
|
plotRanges(gaps(ir, start=1, end=50), c(1,50))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 30: ranges-pgap
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 31: ranges-union
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 32: ranges-punion
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 33: ranges-intersect
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 34: ranges-pintersect
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 35: ranges-setdiff
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 36: ranges-psetdiff
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 37: Views-constructors
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
xViews <- Views(xRle, xRle >= 1)
|
||
|
|
xViews <- slice(xRle, 1)
|
||
|
|
xRleList <- RleList(xRle, 2L * rev(xRle))
|
||
|
|
xViewsList <- slice(xRleList, 1)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 38: views-looping
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
head(viewSums(xViews))
|
||
|
|
viewSums(xViewsList)
|
||
|
|
head(viewMaxs(xViews))
|
||
|
|
viewMaxs(xViewsList)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 39: AtomicList-intro
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
showClass("RleList")
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 40: list-construct
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
args(IntegerList)
|
||
|
|
cIntList1 <- IntegerList(x=xVector, y=yVector)
|
||
|
|
cIntList1
|
||
|
|
sIntList2 <- IntegerList(x=xVector, y=yVector, compress=FALSE)
|
||
|
|
sIntList2
|
||
|
|
## sparse integer list
|
||
|
|
xExploded <- lapply(xVector[1:5000], function(x) seq_len(x))
|
||
|
|
cIntList2 <- IntegerList(xExploded)
|
||
|
|
sIntList2 <- IntegerList(xExploded, compress=FALSE)
|
||
|
|
object.size(cIntList2)
|
||
|
|
object.size(sIntList2)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 41: list-length
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
length(cIntList2)
|
||
|
|
Rle(lengths(cIntList2))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 42: list-lapply
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
system.time(sapply(xExploded, mean))
|
||
|
|
system.time(sapply(sIntList2, mean))
|
||
|
|
system.time(sapply(cIntList2, mean))
|
||
|
|
identical(sapply(xExploded, mean), sapply(sIntList2, mean))
|
||
|
|
identical(sapply(xExploded, mean), sapply(cIntList2, mean))
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 43: list-groupgenerics
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
xRleList > 0
|
||
|
|
yRleList <- RleList(yRle, 2L * rev(yRle))
|
||
|
|
xRleList + yRleList
|
||
|
|
sum(xRleList > 0 | yRleList > 0)
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 44: list-endoapply
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
safe.max <- function(x) { if(length(x)) max(x) else integer(0) }
|
||
|
|
endoapply(sIntList2, safe.max)
|
||
|
|
endoapply(cIntList2, safe.max)
|
||
|
|
endoapply(sIntList2, safe.max)[[1]]
|
||
|
|
|
||
|
|
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
### code chunk number 45: SessionInfo
|
||
|
|
###################################################
|
||
|
|
sessionInfo()
|
||
|
|
|
||
|
|
|